1、服務器系統漏洞
利用系統漏洞是網站遭受攻擊的最常見攻擊方式。網站是基于計算機網絡的，而計算機運行又是少不了操作系統的。操作系統的漏洞會直接影響到網站的安全，一個小小的系統漏洞可能就是讓系統癱瘓，比如常見的有緩沖區溢出漏洞、iis漏洞、以及第三方軟件漏洞等。
2、網站缺乏有效的防御措施
很多網站的防御措施過于落后，一些基于特征識別的入侵防御技術和內容過濾技術，并不能很好地抵御黑客攻擊，也就達不到保護網站的目的。基于應用層的攻擊如SQL注入、跨站腳本、構造入侵這種特征不唯一的網站攻擊，就是通過80端口進行的，并且攻擊者是通過正常GET、POST等正常方式提交，來達到攻擊的效果，基于特征匹配技術防御攻擊，不能精確阻斷攻擊，防火墻是無法攔截的。這也是目前為什么很多黑客都選擇SQL注入作為入侵網站的首選攻擊技術之一。只有在意識到網站安全的重要性后，才會投入足夠的物力和人力資源去改善網站的防御措施，真正達到良好的網站防御水平。
3、網站程序設計缺陷
網站設計，往往只考慮業務功能和正常情況下的穩定，考慮滿足用戶應用，如何實現業務需求。很少考慮網站應用開發過程中所存在的漏洞，這些漏洞在不關注安全代碼設計的人員眼里幾乎不可見，大多數網站設計開發者、網站維護人員對網站攻防技術的了解甚少;在正常使用過程中，即便存在安全漏洞，正常的使用者并不會察覺。網站源程序代碼的安全也對整個網站的安全起到舉足輕重的作用。若代碼漏洞危害嚴重，攻擊者通過相應的攻擊很容易拿到系統的最高權限，那時整個網站也在其掌握之中，因此代碼的安全性至關重要。
4、未能及時發現黑客入侵行為
一些黑客通過網站服務器的漏洞或網頁自身的漏洞來獲取了網站控制權限，這些黑客們通常為了傳播一些非法信息或單純地想要炫耀自己的電腦技能，會選擇篡改網站內容。這一類黑客入侵行為并不是最可怕的。一旦網頁被篡改，黑客就會被暴漏，他們在獲取網站控制權限后就無法隱蔽自己。網站被入侵、網頁被篡改自然會給網站帶來很多不良影響，但是黑客本身并沒有獲得直接利益。而這種黑客入侵行為也能被及時發現并處理，繼而將黑客入侵對網站的負面影響最小化。
