門戶網站要實施SEO網站優化的工作中間會遇到很多的困難，網站管理者能夠重視了SEO優化是很難得的，但是做起來很難能夠真正優化到位，也很難發揮出最大的效果。主要有一下幾個原因：
1. 門戶網站優化的開始難度是SEOER對網站了解和所做的工作，合格的SEO要做好全站的優化工作就必須了解網站的架構，網站的產品，網站程序等。更好的利用這些去做網站分析、網站策劃及優化等工作。這是一個比較大的工作量。
2. SEOER也是需要協調能力：在做龐大的網站優化工作是考驗SEOER的溝通能力，因為需要改動的每個部分牽連著很多部門的工作，分析出優化方案需要得到各個部門的認同和許可，否則就是個失敗的SEO優化方案。
3. SEO優化執行力：需要努力說服了牽連的各部門領導，就需把方案移交技術部門去實施。如果重點部分不能實現就白忙活一場了。
4. 數據的分析和統計：門戶網站需要統計的數據量也是比較龐大的，這是一個繁重的又必須細心的工作，無論是前期優化工作的開始，到優化后期的數據分析和對比，都是個比較麻煩的工作，因為從這些數據中就可以找到網站優化過程中的不足或失敗的地方，總結經驗后需要及時的調整優化策略，新一輪的優化工作即將開始。
